Celem utworzenia sieci Natura 2000 jest zachowanie zarówno zagrożonych wyginięciem siedlisk przyrodniczych oraz gatunków roślin i zwierząt w skali Europy, ale też typowych, wciąż jeszcze powszechnie występujących gatunków i siedlisk przyrodniczych.

Na terenie administrowanym przez Nadleśnictwo Ełk znajdują się cztery obszary Natura 2000.

Są to:

-    PLB 280014 Ostoja Poligon Orzysz ,

-    PLH 280034 Jezioro Woszczelskie  ,

-    PLH 280037 Torfowisko Zocie ,

-    PLH 280041 Murawy na Pojezierzu Ełckim .

1. Ostoja Poligon Orzysz – PLB 280014 obszar specjalnej ochrony ptaków

      Ostoja położona jest na Równinie Mazurskiej. Znaczna część ostoi wchodzi w skład czynnego poligonu wojskowego Orzysz.

      W ostoi Poligon Orzysz stwierdzono występowanie co najmniej 11 gatunków ptaków wymienionych w Załączniku I Dyrektywy Ptasiej. Liczebności 3 gatunków (cietrzewia, derkacza i żurawia) mieszczą się w kryteriach wyznaczania ostoi ptaków wprowadzonych przez BirdLife International.

     Plany zadań ochronnych dla tego obszaru zostały ustanowione przez Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Olsztynie Zarządzeniem z dnia 31 grudnia 2014r. (Dz. Urz. Woj. Warm. – Maz. z 2015r., poz.79).

      Na gruntach zarządzanych przez Nadleśnictwo Ełk obszar jest zlokalizowany w leśnictwie Lipiny ( pow. 212,12 ha ).

2. Jezioro Woszczelskie – PLH 280034 obszar specjalnej ochrony siedlisk

      Chroniony obszar położony jest w środkowej części Pojezierza Ełckiego, o urozmaiconej rzeźbie terenu. Obszar utworzono w celu ochrony mezotroficznego jeziora Woszczelskiego oraz torfowiska przejściowego. Jezioro Woszczelskie powstało w wyniku wytapiania się wśród piasków brył martwego lodu. Jest zbiornikiem otwartym hydrologicznie, o powierzchni 172,6 ha i głębokości maksymalnej 10,6 m oraz średniej 3,3 m. Zbiornik jest długi na ponad 2,5 km i szeroki na około 1,2 km. Długość linii brzegowej wynosi 8,3 km.

      Ważnym siedliskiem jest również torfowisko przejściowe, znajdujące się w południowo-wschodniej części obszaru, między małymi, eutroficznymi zbiornikami, powstałymi w miejscu wyrobisk kopalni żwiru. Zbiorniki opisywanego obszaru regulują stosunki wodne najbliższego otoczenia, w tym wymienionego torfowiska.

      W obszarze tym 47 % powierzchni zajmują wody, 37 % siedliska rolnicze, 12 % lasy, w zarządzie Nadleśnictwa znajduje się zaledwie 18,47 ha (l-ctwo Grabnik).

     Plany zadań ochronnych dla tego obszaru zostały ustanowione przez Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Olsztynie Zarządzeniem z dnia 31 grudnia 2014r. (Dz. Urz. Woj. Warm. – Maz. z 2015r., poz.80).

3. Torfowisko Zocie – PLH 280037 obszar specjalnej ochrony siedlisk

     Obszar położony jest na wschodnim skraju Pojezierza Ełckiego, praktycznie na lokalnym wododziale, oddzielającym zlewnie rzeki Legi od zachodu i Rospudy od strony wschodniej. Rejon torfowiska został ukształtowany pod wpływem ostatniego zlodowacenia bałtyckiego. Samo torfowisko zajmuje nieckę położoną na wysokości ok. 170 m n.p.m. Wzgórza przylegające od południa i wschodu, to przeważnie tereny rolnicze, ekstensywnie użytkowane jako pastwiska i łąki. Od strony zachodniej i północnej torfowisko otoczone jest kompleksem leśnym.

     Torfowisko jest obiektem o zróżnicowanej trofii. W części jest to torfowisko przejściowe, a w części torfowisko niskie, nawiązujące nawet do węglanowego, pomimo śladów odwadniania w postaci zarośniętych już rowów, jak i częściowo drożnego rowu okrężnego na południowym skraju. Obszar jest dobrze uwodniony, a tylko w okresach letnich można zauważyć niewielkie procesy przesuszenia na najwyższych kępach w strefie brzeżnej. Centralna część obiektu ma postać trzęsawiska, co wskazuje, że powstał on w miejscu niedużego jeziora, zanikłego w czasach nowożytnych, przy wydatnej ingerencji człowieka.

     Stan zachowania torfowiska „Zocie" można uznać za dobry, biorąc pod uwagę dobre uwodnienie obiektu oraz w miarę stabilne warunki hydrologiczne, pomimo wciąż jeszcze drożnego rowu opaskowego. Pewien wpływ na zachowanie przepływu wody w rowie mają w ostatnich latach bobry. Potencjalnym zagrożeniem dla tego cennego w skali kraju torfowiska jest możliwość zintensyfikowania rolnictwa na przyległym od południa terenie. 

      Na gruntach zarządzanych przez Nadleśnictwo Ełk obszar jest zlokalizowany w leśnictwie Kalinowo ( pow. 65,78 ha ).

    4. Murawy na Pojezierzu Ełckim – PLH 280041 obszar specjalnej ochrony siedlisk

Obszar jest położony na północ od Ełku, w mikroregionie Pojezierze Łaśmiadzkie, które stanowi środkową część Pojezierza Ełckiego. Całe Pojezierze Ełckie cechuje urozmaicona rzeźba terenu, ukształtowana przez mazurski lob lodowcowy fazy poznańskiej i pomorskiej zlodowacenia bałtyckiego. Jest to krajobraz młodoglacjalny pagórkowatych pojezierzy. Samo Pojezierze Łaśmiadzkie obejmuje tereny bardzo bogate w większe jeziora, z niewielkim udziałem lasów i przewaga gleb użytkowanych rolniczo.

Obszar obejmuje 4 pagórki o charakterze kemowym wraz z otaczającymi je pastwiskami i polami uprawnymi. Znajduje się on w północnej części wsi Straduny, gminie Ełk. Pagóry kemowe o wysokości kilkunastu metrów, szerokości i długości do 200 metrów są ograniczone stromymi stokami, opadającymi ku równinnym obniżeniom. Kemy utworzone są ze żwirów i piasków gliniastych przeważnie poziomo warstwowanych, które zostały osadzone w wyniku działalności wód lodowcowych w obrębie szczelin lodowców. Na całym obszarze przeważają gleby brunatne i zbliżone do brunatnych, a same wzgórza kemowe są zasobne w węglan wapnia.

Spośród typów siedlisk wymienionych w Załączniku I Dyrektywy Rady 92/43/EWG występują tu ciepłolubne, śródlądowe murawy napiaskowe (Koelerion glaucae). Występuje tu również 1 gatunek z Załącznika II Dyrektywy Rady 92/43/EWG.

W obszarze tym występują wyłącznie siedliska rolnicze, nie będące własnością Nadleśnictwa.

Zbiorowiska muraw kserotermicznych występują na wierzchołkach i południowych oraz południowo-zachodnich zboczach pagórków kemowych. Są to niewielkie powierzchnie do kilkudziesięciu arów, o charakterze barwnej, kwiecistej murawy.

Istnienie tych zbiorowisk jest możliwe tylko przy ekstensywnym wypasie. Zarzucenie wypasu powoduje powstawanie zaroślowych zbiorowisk murawowych i eliminację gatunków światłolubnych. Równocześnie nadmierny wypas eliminuje większość gatunków rzadkich.