Nadleśniczy jednoosobowo kieruje nadleśnictwem, ponosi za nie odpowiedzialność i reprezentuje je na zewnątrz.

Zastępca nadleśniczego kieruje Działem Gospodarki Leśnej, pracą leśniczych.

Dział Gospodarki Leśnej prowadzi całokształt spraw związanych z planowaniem, organizacją, koordynacją i nadzorem prac w zakresie selekcji i nasiennictwa, szkółkarstwa, hodowli lasu, ochrony lasu (w tym ochrony przeciwpożarowej), ochrony przyrody i zagospodarowania turystycznego, łowiectwa oraz innych działów zagospodarowania lasu, urządzania lasu, użytkowania lasu oraz sprzedaży drewna i użytków ubocznych, postępu technicznego i technologicznego. Dział ten prowadzi również sprawy związane ze stanem posiadania i ewidencją gruntów oraz udostępnianiem lasu, a także edukacją leśną, promocją i kontaktem z mediami.

Stanowisko do spraw kontroli zajmowane jest w nadleśnictwie przez dwóch inżynierów nadzoru. Inżynier nadzoru kontroluje prawidłowość wykonywania czynności gospodarczych w nadleśnictwie oraz zadania wynikające z ochrony mienia i udostępniania lasu. Wydaje zalecenia w zakresie ustalonym przez nadleśniczego i ściśle współpracuje z zastępcą nadleśniczego przez wzajemne konsultacje, zgłaszanie uwag i propozycji.

Główny księgowy wykonuje zadania i ponosi odpowiedzialność w zakresie księgowości, finansów, planowania finansowo-ekonomicznego, analiz, sprawozdawczości, naliczania płac,  a także organizuje i sprawuje kontrolę wewnętrzną, dokumentów finansowo-księgowych. Główny księgowy kieruje działem finansowo-księgowym.

Dział Administracyjno-Gospodarczy w Nadleśnictwie Ełk  zajmuje się całokształtem spraw związanych z pełną obsługą administracyjną nadleśnictwa, administrowaniem nieruchomościami, sporządzeniem i realizacją planów budowy i zakupów środków trwałych,  planem remontów w zakresie infrastruktury, zamówieniami publicznymi oraz prowadzeniem archiwum (składnicy akt). Działem tym kieruje sekretarz nadleśnictwa.

Stanowisko do spraw pracowniczych podlega bezpośrednio nadleśniczemu. Pracownik prowadzi całokształt spraw kadrowych w nadleśnictwie.

Straż Leśna powołana do zwalczania przestępstw i wykroczeń z zakresu szkodnictwa leśnego oraz wykonywaniem innych zadań związanych z ochroną mienia Skarbu Państwa, będącego w zarządzie Nadleśnictwa. Posterunkiem kieruje Komendant, podległy bezpośrednio nadleśniczemu.

Nadleśnictwo Ełk  podzielone jest na trzy obręby leśne:
obręb Ełk, obręb Pisanica i obręb Jucha II

Leśnictwa - podstawowa jednostka terenowa w nadleśnictwie, to tu bezpośrednio prowadzona jest gospodarka leśna. Leśnictwa mają dwuosobową obsadę - leśniczego i podleśniczego. Teren Nadleśnictwa Ełk podzielony jest na 16 leśnictw. W zakładce KONTAKT znajdują się numery telefonów do poszczególnych leśnictw.